La Hermandad de la Misericordia fue fundada en 1982 por miembros de la Tertulia Cultural Cofradiera "El Cirio Apagao". Los estatutos fueron aprobados el 20 de Diciembre de ese mismo año y seis dias más tarde se ancarga la hechura del Santo Cristo de la Misericordia a D. Gabriel Cuadrado Díaz.
La Hermandad ingresó en el Consejo de Cofradías, Unión de Cofradías en aquella época, el 26 de Enero de 1983 amadrinada por la Hermandad de Ntra. Sra. de la Esperanza.
El Santo Cristo de la Misericordia fue bendecido por el Rvdo. P. D. Carlos Nuñez Vega el 26 de Noviembre de 1983 en el Convento de las RR.MM. Agustinas.
En 1984 se produjo la primera Estación de Penitencia, desde la sede canónica Iglesia de la Milagrosa.
La Semana Santa de 1986 nos vemos obligados hacer la Estación de Penitencia desde el Convento de las RR.MM. Agustinas por el estado ruinoso de la Milagrosa.
El título de la Cofradía se ve incrementado con la presencia de María Santísima de la Concepción tras la aprobación oportuna del Obispado el 1 de Abril de 1987.
Con motivo de la finalización del Año Santo Mariano (1988) se celebro una Exaltación a María Santísima de la Concepción a cargo de D. Francisco Llonís Santiago.
En 1989 se estrena el paso y se realiza la Estación de Penitencia desde la S.I. Catedral por no caber el mismo por el convento (anteriormente el cristo procesionaba en parihuelas).
La Hermandad recupera para Huelva la figura del muñidor en la Semana Santa de 1992.
El 11 de Abril de 1993 se bendice la imagen del Niño Jesús realizado por D. Salvador Guzmán Moral.
Se encarga en 1996 la realización de la imagen de la Virgen de la Concepción a D. Juan M. Miñarro López y se bendice el 26 de Noviembre del mismo año coincidiendo con el aniversario de la bendición del Cristo.
La Hermandad vuelve definitivamente a su sede canónica de la Iglesia de la Milagrosa el 25 de Octubre de 1997 en solemne Via+Crucis tras la restauración de la misma gracias al pueblo de Huelva.
